В 1571 году на месте юго-западной части города, на берегу оз. Богатое  основывается сторожевой пост Богатый Затон. В 1787 году на месте этого поселения образуется село Новая Покровка. В 1870 году рядом с селом «Новая Покровка» построена железнодорожная станция Лиски. 

Название пошло от древнего села Лиски (Лыски), расположенного на правом берегу Дона, где и планировалось строительство ЖД станции. Лысыми называют меловые горы, расположенные по правому берегу Дона. Подобные названия обычны для географических объектов, не имеющих растительности.

В 1928 году с пристанционным посёлком объединяют село Новопокровское и преобразуют в рабочий посёлок, центр Лискинского района, который получает название Свобода. С 1937 года — город.

В 1943 году город переименован в Лиски. В 1965 году его переименовывают в Георгиу-Деж — в честь деятеля румынской компартии Г. Георгиу-Дежа (1901—1965).

В 1991 году городу возвращено название Лиски.